Минимальный налог по УСН надо платить только по итогам года.

 Налогоплательщики вправе уменьшить налоговую базу по УСН, на полученные в 2013 году убытки, только по итогам 2014 года. В любом случае по итогам года надо будет оплатить минимальный налог. Минимальный налог уплачивается в случае, если за налоговый период сумма исчисленного в общем порядке налога меньше суммы исчисленного минимального налога. Таким образом, исчисление и уплата минимального налога производятся налогоплательщиками, применяющими УСН, только по итогам года.

https://taxpravo.ru/zakonodatelstvo/statya-353554-pismo_minfina_rf_ot_19...