К доходам от продажи имущества ИП налоговый вычет не применяется.

Доходы, полученные от продажи недвижимого имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности, подлежат включению в налоговую базу НДФЛ без применения имущественного налогового вычета.  Гражданин при продаже жилья (иного имущества) вправе уменьшить свой доход на, так называемый, имущественный вычет, т.е. сократить свою налоговую базу. Но вот если имущество использовалось в предпринимательской деятельности, то сокращать налоговую базу по НДФЛ на налоговый вычет нельзя.

http://taxpravo.ru/zakonodatelstvo/statya-352427-pismo_minfina_rf_ot_15_...