Порядок распределения расходов пропорционально доходам предусмотрен для коммерческих организаций.

Пропорционального деления затрат между коммерческой и некоммерческой деятельностью для некоммерческих организаций не предусмотрено. Как заметили в финансовом ведомстве порядок распределения расходов ( ст. 252, 272 НК РФ) относится только к коммерческой деятельности. Следовательно, доходы в рамках обычной деятельности не могут быть уменьшены на некоммерческие расходы. В частности, речь об этом может идти в случае применения разных систем налогообложения.

http://taxpravo.ru/zakonodatelstvo/statya-328429-pismo_minfina_rf_ot_2_avgusta_2013_g_n_03_03_06_4_31096